Im Regierungsbezirk Münster gibt es 47 Krankenhäuser mit insgesamt 68 Betriebsstätten, welche im Krankenhausplan NRW aufgenommen sind – darunter Allgemeinkrankenhäuser, Tageskliniken, Fachkrankenhäuser für Psychiatrie und Fachkrankenhäuser mit anderen Spezialgebieten sowie das Universitätsklinikum Münster (UKM).

Die Bezirksregierung hat als obere Aufsichtsbehörde die Rechtsaufsicht über die Krankenhäuser nach § 11 Krankenhausgestaltungsgesetz des Landes Nordrhein-Westfalen (KHGG NRW). 

Für jedes Krankenhaus, für das die Vorschriften des Gesetzes zur wirtschaftlichen Sicherung der Krankenhäuser und zur Regelung der Krankenhauspflegesätze (Krankenhausfinanzierungsgesetz KHG) gelten, wird zwischen den Vertragsparteien eine Budgetvereinbarung für ein oder mehrere Kalenderjahre abgeschlossen. Die Vertragsparteien sind die Träger eines Krankenhauses und die Sozialleistungsträger. 

Die Bezirksregierung Münster ist im Rahmen der Zentralen Krankenhausförderung landesweit für die Abwicklung der Förderprogramme Krankenhaus-Einzelförderung (KHEF), Krankenhaus-Strukturfonds II (KHSF) sowie Krankenhauszukunftsfonds (KHZF) zuständig. 

Die in den Krankenhausplan NRW aufgenommenen Krankenhäuser erhalten pauschale Fördermittel auf der Basis des Krankenhausgestaltungsgesetzes NRW. 

Besuchskommission nach PsychKG – Bei jeder Bezirksregierung sind Besuchskommissionen nach § 23 des Gesetzes über Hilfen und Schutzmaßnahmen bei psychischen Krankheiten (PsychKG NRW) zu berufen.